三江源地处青藏高原，是我国重要的生态安全屏障。2009年起，山水自然保护中心在三江源地区开展保护工作。现已覆盖高寒草甸生态系统、高寒草原生态系统、湿地生态系统和森林灌丛生态系统。

大熊猫是全球的旗舰物种。山水自然保护中心从2007年起开展大熊猫栖息地的社区保护工作。2021年，社区有效保护面积超过350平方公里。

云南和雅鲁藏布江中下游区域是全球生物多样性热点区域之一。2017年起，山水自然保护中心在云龙天池国家级自然保护区启动多重效益森林恢复项目。自2020年，开展雅鲁藏布江生物多样性调查和保护项...

2014年，山水自然保护中心协同多家自然保护机构发起“中国自然观察”项目。项目调查国内生物多样性现状，以指导保护行动，推动政策优化，并提高物种保护的公众参与。

2018年，山水自然保护中心开始对城市、郊区、厂矿、大型基础建设周边地区等受人类干扰强烈区域展开生态恢复，探索恢复生物多样性与生态系统功能的新方法，并引导公众参与恢复过程。