山水自2009年起在青海三江源地区开展以雪豹为旗舰物种的高原生态系统保护工作。基于传统文化和科学研究，山水尝试在气候变化和市场经济的背景下，推动以社区为主体的物种和栖息地保护，并为以国家公园为主体的自然保护地建设提供示范经验。

三江源地处青藏高原，是长江、黄河、澜沧江的发源地和我国淡水资源补给地，更是重要的生态安全屏障。特殊的地理区位和丰富的自然资源，为我国大量特有物种和濒危物种提供了栖息地。该地区拥有全世界最大的雪豹连片栖息地，也是青藏高原乃至全球大型食肉动物种类最多、分布最密集的区域之一。2015年，三江源成为我国第一个国家公园体制试点，2021年，三江源国家公园成为我国第一批正式设立的国家公园之一。2021年，山水在草原生态系统的保护工作已经拓展到青海的祁连山国家公园、西藏的那曲地区和丁青县，涵盖了更大范围的雪豹栖息地。

山水一方面与北京大学和当地社区合作，建立起包括长期红外相机监测、遗传学、有蹄类以及草地监测等在内的监测体系，开展野生动物和生态系统研究；一方面与村社单元合作，针对反盗猎、人兽冲突、草场修复、自然体验特许经营、垃圾管理等议题开展保护实践，进行与保护兼容的社区可持续发展尝试；此外，山水还与当地政府以及主管部门合作，通过案例实践为政策制定提供建议。

山水在三江源的保护工作，得到了战略合作伙伴华泰证券“一个长江”项目的长期支持。